On qualifie une interaction en comparant performances et phénotypes en co-culture vs isolement et en reliant ces effets aux fonctions écologiques des partenaires.
On qualifie une interaction microbe–microbe en comparant la performance (croissance/activité) en co-culture vs en isolement, en s’aidant d’indices fonctionnels (halos, filtrats, fer, phages, biofilm) et de témoins solides.
Mutualisme, commensalisme, syntrophie, cross-feeding, compétition, sidérophore, amensalisme/antagonisme, bactériocine, prédation, parasitisme (phage), biofilm, plaque de lyse, milieu conditionné.